W dalszym etapie rozwoju część komórek przedostaje się do wnętrza blastuli (wpukla się lub częściej po prostu wywędrowuje), gdzie tworzy drugą warstwę komórek. Zarodek w tej postaci nazywa się gastrulą, a cały proces - gastrulacją. Gastrula składa się z dwóch niewyspecjalizowanych warstw komórek zarodkowych - zewnętrznej ektodermy i wewnętrznej endodermy, nazywanych też listkami zarodkowymi. Pomiędzy tymi warstwami pozostaje zacieśniona pierwotna jama ciała. W obrębie endodermy także tworzy się jama, zwana prajelitem, do której z zewnątrz prowadzi otwór, czyli pragęba (lub inaczej gastropor).
Gastrulacja. Źródło: http://www.twow.net/ObjText/images/Gastru2.gif